Als die Verfolgung der jüdischen Bevölkerung im Juli 1942 zunahm, versteckten sich die Franks in einigen versteckten Räumen hinter einem Bücherregal (dem sogenannten Hinterhaus ) in dem Gebäude, in dem Annes Vater, Otto Frank, arbeitete. Während ihres Verstecks führte Anne ein Tagebuch, das sie zum Geburtstag geschenkt bekommen hatte, und schrieb regelmäßig darin.
Der Plan funktionierte über zwei Jahre lang hervorragend. Doch am Morgen des 4. August 1944 klopfte es an der Tür, und es war nicht gerade sanft. Ein Informant, dessen Identität nie geklärt werden konnte, hatte die Polizei zum Hinterhaus geschickt. Die Polizei wurde von SS-Oberscharführer Karl Silberbauer vom Sicherheitsdienst angeführt .
Die Gruppe der deutschen Uniformierten (Grüne Polizei) brachte die Franks zum Hauptquartier. Nach einigem Hin und Her landeten sie im Durchgangslager Westerbork.
Der Krieg neigte sich rasch dem Ende zu – die Alliierten waren bereits in Brüssel, Belgien –, doch es blieb noch Zeit für einen letzten Zug nach Auschwitz. Am 3. September 1944 wurde die Gruppe mit dem letzten Transport von Westerbork ins Konzentrationslager Auschwitz deportiert.
Alle Franks überlebten die erste Untersuchung – ein Versagen bedeutete den Tod in den Gasduschen – doch das war erst der Anfang ihrer Probleme. Etwa einen Monat später wurden Anne und Margot in ein anderes Vernichtungslager, Bergen-Belsen, verlegt. Edith (ihre Mutter) blieb in Auschwitz zurück und starb bald.
Anne und Margot landeten in Bergen-Belsen. Sie überlebten einen elenden Winter, aber nicht lange danach. Die Schwestern starben beide im März oder April 1945.
Lebensmittel waren knapp, und in den ungeheizten Schlafsälen der Lager wüteten Epidemien. Bergen-Belsen wurde am 15. April 1945 von britischen Truppen befreit, doch für Anne Frank war es zu spät. Otto Frank überlebte.
Anne Frank wurde in Frankfurt, Deutschland, als zweite Tochter von Otto Frank (1889–1980) und Edith Frank-Holländer (1900–1945) geboren.
